Japán első lakóinak eredete bizonytalan. Valószínűleg a z ázsiai kontinenst és Japán szigetei a jégkorszakban földhíd kötte össze, így volt lehetséges a benépesülése. A mai japánok alapvető vonásait a szibériából érkező anjuk, csendes oceáni területekről származó maláj etnikumok valamint  Koreai félszigetről érkező mongol népcsoport keveredése alakította ki.

Körülbelül hétezer évvel ezelőtt jött létre a japán civilizáció, ie.300 évvel Ázsiából új ismeretekre tettek szert úgy mint a rizstermesztés, szerszám és fegyverkészítés. Akkoriban Japán sok törzsre oszlott, akik egymással folyamatosan harcban álltak, míg nem az egyik törzs főnöke megerősödött és megszerezte a főhatalmat. A császárok mind az ő leszármazottai. Az uralkodó tanácsadói a Fujiwara családból kerültek ki. 

Az első főváros a nyugati Jamato tartományban volt, és ettől keletre terjeszkedtek tovább. A Jamato dinasztia mind a mai napig fennáll. A japánok aztán mindent átvettek a kínaiaktól, a politikát, a művészeteket és az építészetet, noha mindezeket saját igényük és izlésük befolyásolta. A császári hatalom idővel meggyengült így az igazi vezetői hatalmat a katonák gyakorolták. 

Megjegyzés: Jamato az animében:  Jamato-kapitány neve csak álnév, melyet azután kapott, hogy Tsunade és Kakashi bele egyezésével alkalmazták mint a 7-es csapat új vezetőjét. Yamato igazából az ANBU-k egyike. Képes volt megfélezni Narutot, mikor elszabadult benne a kyuubi chakrája, ehhez azonban Tsunadétől kapott nyakláncra is szükség volt.